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### chunk number 1: 
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simfun <- function(ng=20,nr=100,fsd=1,indsd=0.5,
                   b=c(1,2)) {
  ntot <- nr*ng
  b.reff <- rnorm(ng,sd=fsd)
  b.rind <- rnorm(ntot,sd=indsd)
  x <- runif(ntot)
  dd <- data.frame(x,f=factor(rep(LETTERS[1:ng],each=nr)),
                   obs=1:ntot)
  dd$eta0 <- model.matrix(~x,data=dd) %*% b
  dd$eta <- with(dd,eta0 + b.reff[f]+b.rind[obs])
  dd$mu <- exp(dd$eta)
  dd$y <- with(dd,rpois(ntot,lambda=mu))
  dd
  }


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### chunk number 2: 
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library(lme4)
set.seed(1001)
dd <- simfun()
(m0 <- glmer(y~x+(1|f),family="poisson",data=dd))
(m1 <- glmer(y~x+(1|f)+(1|obs),family="poisson",data=dd))


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### chunk number 3: 
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cfun <- function(d) {
  m <- glmer(y~x+(1|f)+(1|obs),family="poisson",data=d)
  c(sqrt(unlist(VarCorr(m))),fixef(m))
}


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### chunk number 4: 
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rr <- replicate(50,cfun(simfun()))


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### chunk number 5: 
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library(plotrix)
library(reshape)
mm <- melt(t(rr))
library(lattice)
print(bwplot(value~X2,data=mm,
       panel=function(...) {
         panel.bwplot(...)
         panel.points(1:4,c(1,1,0.5,2),col=2,pch=16)
       }))


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### chunk number 6:  eval=FALSE
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## library(lme4)
## load("gopherdat2.RData")
## head(Gdat)
## Gdat$obs <- 1:nrow(Gdat)
## g1 <- glmer(shells~factor(year)+prev+offset(log(Area))+(1|Site)+(1|obs),
##             data=Gdat,family="poisson")
## g0 <- glmer(shells~factor(year)+prev+offset(log(Area))+(1|Site),
##             data=Gdat,family="poisson")
##